Является левым притоком реки Олонка. Относится к бассейнам Балтийского моря, реки Невы, Ладожского озера. Берет начало из озера Мегрозеро в 6 км восточнее от села Речная Сельга, течет с востока на запад и впадает в реку Олонка в центре города Олонец, в 30 км от её устья в Ладожском озере.
Длина реки — 52 км, площадь её водосборного бассейна — 1000 км².
Наиболее крупные левобережные притоки реки Мегрега: река Самбатукса — в 21 км от устья (длина реки 28 км, площадь бассейна 106 км²); река Инема — в 9,1 км от устья (длина реки 22 км).
Наиболее крупные правобережные притоки реки Мегрега: река Печная — в 47 км от устья; длина реки 14 км; река Чилмозерка — в 41 км от устья; длина реки 20 км, площадь бассейна 96,1 км²; река Кумбуоя — в 27 км от устья (длина реки 6,5 км).
Название Мегрега произошло от языка древних вепсов. В переводе это слово означает «барсучья река» (от слов «magr» — барсук и «jogi» — река).
Вдоль реки Мегрега разместились следующие населенные пункты: слева — Речная Сельга, Куйтежа, Мегрега; справа – Онькулица, Юргелица, Судалица, Олонец.
Подъездные пути: в верховье реки — автодорога «Мегрозеро-Мегрега»; в среднем течении — автотрасса М-18 «Кола» (Санкт-Петербург — Петрозаводск – Мурманск); с устье реки, возле города Олонец — автотрасса А-130 (Олонец-Ляскеля-Хелюля-Сортавала).
Достопримечательности:
- церковь Фрола и Лавра (1613 г.) в деревне Мегрега;
- памятники культуры и истории в г. Олонец.
Источники информации:
- Ресурсы поверхностных вод СССР: Гидрологическая изученность. Т. 2. Карелия и Северо-Запад / под ред. Е. Н. Таракановой. — Л.: Гидрометеоиздат, 1965. — 700 с.
- Карелия: энциклопедия: в 3 т. / гл. ред. А. Ф. Титов — Петрозаводск: ИД «ПетроПресс», 2009. — Т. 2: К — П. — 464 с.
- Г.М. Керт, Н.Н. Мамонтова. Загадки карельской топонимики. / Изд. 3-е, испр. и доп. — Петрозаводск: Издательство «Карелия», 2007. С. 63 — 120 с.: ил.