Построен и освещен в 2013 г. Деревянный однокупольный храм и звонница возведены благодаря пожертвованиям спасателей и посетителей учебно-спасательного центра «Вытегра» МЧС России.
Открытие храма продолжает традиции создания православных храмов при учебных заведениях России, которая зародилась в XVIII веке с целью участия в богослужении лиц, постоянно или временно пребывающих или обучающихся в образовательных учреждениях. Выбор покровителя храма связан с личностью Св. Ионы Клименецкого, основателя Клименецкого Свято-Троицкого монастыря, покровителя Онежского озера и всех его «судоходцев». Святой Иона основал на Клименецком острове Троицкий Николо-Климецкий монастырь, ныне не действующий. Житие святого Ионы Клименецкого сообщает о нем как о строителе храмов, ревностном служителе церкви; всю свою жизнь положившим на укрепление православной веры в Заонежье, помогающем всем, путешествующим по Онежскому озеру. Миссия спасения на водах близка деятельности современных спасателей Арктического спасательного центра и музея «Наследие времен».
28 сентября 2012 г. иерей Матфей, настоятель храма Сретения Господня, от лица Белозерского благочиния преподнес в дар музею истории спасательного дела «Наследие времен» икону Св. Ионы Клименецкого. В июне 2013 года архиепископ Вологодский и Великоустюжский Максимилиан совершил освящение места под строительство храма во имя преподобного Ионы Клименецкого на берегу Онежского озера на территории АСУНЦ. 27 декабря 2013 г., в рамках празднования Дня спасателя Российской Федерации Архиепископ Максимилиан совершил чин освящения храма. В освящении храма приняли участие игумены Дионисий (Воздвиженский), Игнатий (Молчанов), протоиерей Алексий Фомичев и иерей Матфей Тараканов.
Храм во имя преподобного Ионы Клименецкого в Арктическом спасательном учебно-научном центре МЧС РФ является вторым действующим учреждением Русской Православной церкви на Онежском озере, возрождающем историческую память о преподобном Ионе Клименецком († 6/19 июня 1534 г.), после часовни во имя преподобного Ионы Клименецкого в деревне Потаневщина на острове Большой Клименецкий, которая была освещена 4 августа 2013 г. приписана к Приходу Спасо-Преображенского храма о. Кижи (Карельская епархия).
Часовня и храм во имя преподобного Ионы Клименецкого построены в традиционном заонежском стиле и являются духовными жемчужинами Обонежья.